可能です。
ただし、ダウンロードした電子データ（XMLファイル）をそのまま印刷しても控除証明書として使用できません。
当社が発行する電子的控除証明書を用いて、国税庁の「ＱＲコード付証明書作成システム」にてＰＤＦファイルの「ＱＲコード付控除証明書」を作成・印刷することで、税務署または勤務先に提出できます。
※「ＱＲコード付証明書作成システム」の利用方法については、国税庁ホームページをご参照ください。

電子的控除証明書の発行手順については、以下のQAをご参照ください。
●QA「生命保険料控除証明書の電子発行の方法を教えてください。」